Нестор Іванович Махно народився в бідній селянській родині, нащадків закріпачених козаків. За деякими даними його предки згадуються в першій половині XVIII ст. в реєстрах козаків Лукомльської сотні Лубенського полку Війська Запорізького, де вони записані як Мохно.

Нестор із дитинства бачив голод і злидні, рабську важку працю, що, очевидно, вплинуло на формування його характеру і світогляду, сформувало його любов до правди й повагу до простих людей, власне бачення козацької історії краю.

У Махна було чотири брати — Полікарп, Савелій, Омелян і Григорій. Усі вони були миролюбними людьми, займалися хатнім господарством і участі в Громадянській війні не брали, але всі були жорстоко вбиті, що не могло не позначитися на відношенні Нестора до тих, хто був причетний до їх смерті — австро-угорських і німецьких окупаційних військ, білогвардійців і більшовиків.

Можливо, саме загибель одного з братів кожного разу повертала Нестора до повстанських лав після того, як він черговий раз намагався повернутися до мирного життя. Майже всі брати Нестора залишили  великі сім'ї і численних нащадків.